Anche avere tanti insediamenti in giro ha la sua utilità vedrai
ancor di più a fianco dei Minutemen.
Le armature atomiche potrebbero rubartele se gli lasci dentro i nuclei di fusione, non ce li lasciare mai dentro!
Riguardo le armi può capitare che se le prendano i coloni per armarsi e difendersi meglio, quindi forse anche gli assalitori... le armature non credo. In ogni caso, per evitare, dovrebbe bastare depositare armi e armature nell'inventario delle officine e NON in contenitori o casseforti.
Riguardo le risorse invece non so dirti perché non subisco attacchi da secoli e le risorse mi si sono buggate e non mi si accumulano più negli insediamenti
quindi non so che succede se glieli lasciamo razziare. Di sicuro dovrai riparare ogni cosa: torrette, negozi, generatori, piantagioni, pompe e depuratori d'acqua ecc... sta inoltre attento che se i coloni generici non possono morire, purtroppo non è così per i venditori leggendari (se non sai chi sono non spoilero oltre comunque c'è la guida nel forum), quindi se ti attaccano un insediamento dove ci sono di questi venditori corri a difenderlo!
per aumentare il livello del carisma leggiti questa discussione: 
appena torno a casa provo a vedere... anche se sono alquanto nella cacca perchè di carisma mi sono tenuto parecchio basso. Non pensavo che costruire insediamenti sarebbe diventata così una droga 
ci sto buttando veramente troppo tempo. Grazie guyzzz!
no, per sbloccare le perk devi avere i requisiti richiesti senza contare i bonus o malus temporanei. Se non l'hai già fatto, puoi ottenere velocemente 1 punto carisma con il libro S.P.E.C.I.A.L. che si trova a Sanctuary in... casa tua (prebellica) per terra in quella che era la stanza di Shaun, e gli altri due livellando, in fondo non ci vuole poi molto.